Las líneas de investigación propuestas para los próximos años son las siguientes:
Caracterización y aprovechamiento de la biodiversidad ecuatoriana: buen uso y conservación para la obtención de productos bioactivos, el diagnóstico y control de plagas, y el mejoramiento de la resistencia a patógenos.
Mejoramiento de la calidad y rendimiento del material vegetal: calidad del material de siembra, disponibilidad de variedades y clones mejorados, perfeccionamiento de los sistemas de manejo de cultivos para el incremento de su productividad.
Aprovechamiento de subproductos, excedentes y materiales de desecho agroiondustriales: (obtención de productos con valor agregado para biorremediación, tecnologías alternativas y otras aplicaciones industriales amigables con el ambiente).
Evaluación del impacto del conocimiento y productos obtenidos de las investigaciones desarrolladas en el centro: (vinculación interdisciplinaria e interinstitucional para la transferencia de conocimientos, la formación y el desarrollo de talento humano).